1961年，从硬件转向软件，但不放弃硬件，从事软硬件相结合的研究，以探讨软件对未来计算机体系结构的影响。

1963年，在研究过程中养成了每做一个项目先要了解中国国外现状的习惯，为了加快英文阅读速度，他开始锻炼英语听力，连续两年多每天半小时的收听使他的反应速度明显加快。

1964年，承担了当时正在进行硬件设计的DJS21机的ALGOL60编译系统，同时探讨适合高级语言的计算机体系结构。

1965年，回到北京大学，与陈堃銶、许卓群等同事进行DJS 21机的ALGOL 60编译系统设计工作，1967年研制成功，在几十个用户中推广，成为中国国内最早得到真正推广的高级语言编译系统之一，被列入中国计算机工业发展史大事记中。

1966年，旧病复发，因“文革”北大环境混乱，到昌平北京大学分校休养。

1967年，与陈堃銶结为夫妻，搬回北京大学。

1968年3月，再回上海养病。父亲被打为“现行反革命”，成为“专政对象”，家中环境大变。同年12月被扣上“偷听敌台广播”的帽子，召回北京大学，进学习班“交待问题”，只能周末回家。在陈堃銶的理解、鼓励和照顾下，度过了艰难岁月。

1969年，因身体状况不佳，被命从“学习班”回家“思过”，成为被打入“另册”、只拿劳保工资、长期在家养病的老病号。

1972年，从同事处得知，北京大学参与研制的DJS150计算机遇到磁带纠错的难题。在家用手工对几百种编码方案进行筛选、计算，设计出磁带2位纠错方案。

1975年，作为技术总负责人，领导中国计算机汉字激光照排系统和后来的电子出版系统的研制工作。

1976年9月，电子工业部在了解了王选的方案后给予支持，把“748工程”中汉字精密照排系统的研制任务正式下达给北京大学，并成立了北京大学汉字信息处理技术研究室，由王选负责整个系统的总体设计和研制工作。

1978年—1995年，担任北京大学计算机研究所所长。

1979年7月27日，经与协作单位共同努力，王选主持研制成功汉字精密系统的主体工程，从激光照排机上输出一张八开报纸底片。

1980年9月15日，王选为首的课题组用激光照排系统成功地排出了一本《伍豪之剑》的样书，这是中国在告别铅字的历程中排出的第一本书；同年，晋升为副教授。

1981年，致力于研究成果的商品化工作，使中文激光照排系统从1985年起成为商品，在市场上推广。

1983年，北京大学在原汉字信息处理技术研究室的基础上成立计算机科学技术研究所，王选担任副所长。

1986年，被聘为博士生导师。

1988年后，王选作为北大方正集团的主要开创者和技术决策人，提出“顶天立地”的高新技术企业发展模式，倡导技术与市场的结合，闯出了一条产学研一体化的成功道路。

1991年，当选为中国科学院学部委员（院士）；同年，担任北京大学计算机研究所所长。

1992年，王选向北京大学计算机所提出，正式退出科研第一线。

1994年，当选为中国工程院院士；同年，担任北大方正技术研究院院长，方正控股有限公司董事局主席、首席科技顾问。

1995年加入九三学社。7月，北京大学计算机研究所与北大方正共同成立方正技术研究院，王选担任院长；同年，担任方正（香港）有限公司董事局主席；9月，王选做出决定：以研制计算机动画制作系统为契机，开发数字视频领域，进军广电业；12月，方正在香港以红筹股的形式上市；同年，决定研制日文出版系统，进军日本市场，依靠自主创新技术走向国际。

2002年3月18日，北京大学从经费中拿出500万元，奖励获得国家最高科学技术奖的王选，这一奖励在中国高校历史上尚属首次。

2006年2月13日11时，在北京病逝，享年70岁。

王选于1975年以前，从事计算机逻辑设计、体系结构和高级语言编译系统等方面的研究。1975年开始主持华光和方正型计算机激光汉字编排系统的研制，用于书刊、报纸等正式出版物的编排。针对汉字字数多，印刷用汉字字体多、精密照排要求分辨率很高所带来的技术困难，发明了高分辨率字型的高倍率信息压缩和高速复原方法，并在华光Ⅳ型和方正91型、93型上设计了专用超大规模集成电路实现复原算法，改善系统的性能价格比。领导研制的华光和方正系统在中国报社和出版社、印刷厂逐渐普及，并出口港、澳、台、美和马来西亚。为新闻出版全过程的计算机化奠定了基础。

根据2021年1月北京大学纪念王选网站显示，王选先后出版多部著作，并撰写数十篇文章。

根据2021年1月北京大学纪念王选网站显示，王选先后获得9项中国国内外专利。

王选总结了一整套自主创新的方式方法：一是跨越式发展是开辟高效益的捷径；二是需要和已有技术的不足是创造的源泉；三是寻求技术和市场最前沿的需求刺激；四是新技术能创造出新市场；五是找准市场的切入点。更关键的是要培养年轻人才。

王选是家里第五个孩子，他的父亲王守其一辈子从事财务工作，办事特别认真，工作从未出现过纰漏。母亲则非常开明，在她的支持下，王选的大姐在解放前就加入了共产党。在这样的家庭中，王选养成了做事一丝不苟，乐于接受新事物的习惯。王选的哥哥是物理学家王迅院士。

1967年，王选与陈堃銶结为夫妻。

王选同志走了，他的名字将永远镌刻在中国科技发展史上，人民不会忘记他。（时任中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛评）

王选是当代知识分子的楷模，是统一战线成员的骄傲，是广大知识分子和统一战线成员学习的光辉榜样。他以自己崇高的人品、卓越的贡献和对中国共产党、对社会主义事业的无限热爱，赢得了广泛的赞誉和爱戴。王选的先进事迹是对坚持中国共产党领导的多党合作和政治协商制度、树立社会主义荣辱观、走中国特色自主创新道路的生动诠释，体现了鲜明的时代精神。（时任中央政治局常委贾庆林评）

王选堪称中国自主创新的典范。（时任全国人大副委员长、中国科学院院长路甬祥评）

王选最突出的是他的创新精神，在世界上他首先用激光照排技术实现了印刷革命，使中国在这一领域领先于国际水平。他既是优秀的科学家，又是杰出的企业家；他既有精湛深厚的学术造诣，又有坚毅不拔的实干精神。他通过创办方正，实现了中文激光照排技术的产业化，为自主创新发展中国的科技和产业树立了光辉的榜样。他为中国科技自主创新作出重大贡献并实现了产业化的杰出科学家、企业家。（中国工程院院士倪光南评）

2005年，科技部国家科技奖励工作办公室颁布公告，批准中国新闻技术工作者联合会设立的“新闻科学技术奖”，更名为“王选新闻科学技术奖”。

2006年5月12日，中共中央宣传部、中共中央统战部、国家教育部联合做出决定，在广大知识分子和统一战线各界人士中开展向王选同志学习活动。5月17日，由中共中央宣传部、中共中央统战部、国家教育部、九三学社中央联合组成的王选同志先进事迹报告团在人民大会堂作了首场报告。

2010年，北京印刷学院举行“学习王选精神，争做新时期优秀教师”主题活动暨王选院士铜像落成典礼。

2012年，北京大学计算机所举行王选院士雕像落成及揭幕仪式。

2018年6月12日，王选雕像捐赠揭幕仪式在中国文字博物馆举行。

2012年9月，北京市第八十中学成立了“王选创新实验班”，将信息学拔尖人才作为培养重点，班级文化围绕信息学展开。经王选夫人陈堃銶教授同意，从2020—2021学年起北京市第八十中学白家庄校区成立王选创新实验班

2007年2月13日 ，王选逝世一周年时，为了缅怀王选院士的崇高风范，使更多的人特别是年轻一代，能够亲身感受王选院士的动人事迹、思想精神和人格魅力，从中受到教育、激励和启迪，北京大学计算机研究所和北大方正集团联合筹建的“王选纪念陈列室”在这一天建成并举行揭牌仪式。

2009年，无锡王选事迹陈列馆开馆暨王选铜像揭幕仪式在无锡举行。

2016年1月20日，在王选逝世十周年之际，王选纪念陈列室“创新历程厅”揭幕仪式在北京举行。

2008年，经国际小行星中心和国际小行星命名委员会批准，中国科学院紫金山天文台发现的国际编号为4913号小行星，被命名为“王选星”。

2008年，为支持北京大学建设高水平的教师队伍，培养具有卓越创新能力的后备骨干人才，促进学校教学科研事业的大力提升，王选的夫人陈堃銶教授代表北京大学王选计算机研究所捐资1000万元人民币，在北京大学设立“北京大学王选青年学者奖励基金”，用每年的收益奖励校本部理工科教学科研单位在教学岗位和科研工作中做出重要贡献并具有巨大发展潜力的青年教师。

2012年，陈堃銶将方正集团授予王选教授终身成就奖的奖金100万元人民币，捐赠至北大教育基金会,注入“北京大学王选青年学者奖励基金”。

2019年10月，北京大学将“北京大学计算机科学技术研究所”更名为“北京大学王选计算机研究所”。

2013年，由北京大学组织、北京大学歌剧研究院为主要团队创作和演出的原创实验歌剧《为你而来·王选之歌》，在北京大学百周年纪念讲堂上演。

2019年1月10日—11日，由北京大学计算机科学技术研究所、方正集团联合中央电视台制作的纪录片《王选》在央视科教频道《大家》栏目播出。